完整的肠道屏障对于营养物质的吸收很重要，但也将数万亿微生物保持在管腔中，以防止它们全身扩散。微生物代谢物有助于维持肠道屏障和肝脏健康。由于饮食或环境变化（如高热量摄入或饮酒）导致肠道微生物群落的破坏（生态失调）是肝病产生的重要因素之一。尽管不同肝脏疾病的发病机制不同，但肠道菌群失调与代谢性肝病有关，如酒精相关性肝病和非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）。微生物群的失调已被证明可以调节肝脏疾病—在临床前模型中，肝病的发展可以通过粪便微生物群传播，移植健康供体的粪便微生物群（FMT）到患者，代谢和肝脏病变略有改善。表明肠道菌群状态对肝功能的重要性。这篇综述探讨了肠道、肝脏和肠道微生物群在健康条件下如何相互作用，菌群失调的微生物群如何影响肠道和肝脏的功能，以及恢复肠道生态系统的潜在干预方法。

当肠道菌群中的益生菌，如双歧杆菌产生维生素B族等参与肝细胞的蛋白质代谢，帮助提高肝脏的代谢能力。

最新研究表明：肠道菌群紊乱不仅能加速和恶化肝硬化进程，还能进一步引发恶性循环。但是很多人是不知道的，肠道菌群跟肝硬化之间有如此的关系。

肠道菌群是决定个体整体功能和健康状态的关键因素。标志性的肠道微生物组组成可作为患病或健康状况的标志，而不受身体器官感染的影响。针对肠道菌群调节的策略在控制胃肠道和非胃肠道感染方面最有希望。粪便微生物群移植(FMT)最初被用于恢复与艰难梭菌感染相关的肠道生态失调，但在IBD、代谢综合征和肝性脑病病例中也显示出有希望的结果。一般情况下，抗生素治疗后口服胶囊给药，以移植粪便微生物群。抗生素扰乱了现有的有害成分，使健康供体摄入的微生物群定植，恢复健康肠道微生物多样性。这种做法已显示可改善肝硬化和肝性脑病患者。有证据表明，在喂食高果糖高脂肪饮食的大鼠进行粪便移植后，肝脏功能在胰岛素敏感性、门静脉高压降低和肝内内皮功能改善等方面得到恢复。确定导致特定健康状态的微生物为利用噬菌体疗法创造了机会。噬菌体具有高度的宿主特异性，可杀死目标细菌而不影响有益菌群。利用噬菌体成功控制病危患者的多重耐药铜绿假单胞菌和鲍曼不动杆菌，为探索噬菌体的治疗目的创造了可能。

肠道菌群移植（FMT），是指把健康人粪便中的功能菌群，移植到患者胃肠道内，重建新的肠道菌群，实现对肠道及肠道外疾病的治疗。又称为“肠菌移植”、“粪菌移植”等。

肠道菌群移植是现代医学一种快速兴起的新疗法，在2019年被《生物医学技术临床应用管理条例》归为中低风险生物医学新技术。目前已积累的临床证据证明，肠道菌群移植是一种具有广泛应用潜力的治疗策略。